Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) adalah perbedaan pada panjang fragmen restriksi yang disebabkan oleh SNP atau INDEL yang membuat atau menghapus situs pengenalan endonuklease restriksi. Teknik AFLP ini berdasarkan pada amplifikasi PCR selektif fragmen restriksi dari total pencernaan DNA genom (Gambar 1).

Gambar 3. Prosedur Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

Setelah amplifikasi akhir, fragmen yang teramplifikasi secara selektif dipisahkan dari gel elektroforesis dan divisualisasikan secara autoradiografi. Fragmen MseI-MseI diberi pengecualian dari autorad karena hanya primer yang diarahkan EcoRI yang diberi label. Biasanya, autorad memiliki 100-300 sidik jari dengan ukuran mulai 80-500 nukleotida. Hanya sebagian (10-40) dari jumlah total untaian adalah polimorfik antara dua individu terkait, seperti pada Arabidopsis thaliana Columbia dan Landsberg erecta ecotypes.

Primer 3-bp digunakan untuk ekstensi selektif yang memberikan 128 kemungkinan tautan kombinasi. Oleh karena itu, 128 bagian dari DNA genom dapat segera diamplifikasi. Dengan demikian, ribuan penanda dapat dihasilkan dengan cukup cepat.

Kelemahan dari AFLP adalah:

  • Teknologi yang sesuai dibutuhkan untuk menilai adanya heterozigot dan homozigot. Jika tidak, AFLP dinilai hanya pada yang dominan.
  • Mengembangkan penanda lokus khusus dari fragmen individu menjadi sulit.
  • Perlu menggunakan kit yang berbeda sesuai dengan ukuran genom yang dianalisis.

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *