BamHI (berasal dari Bacillus amyloli) adalah endonuklease restriksi tipe II, memiliki kapasitas untuk mengenali urutan pendek DNA (6 bp) dan secara khusus membelah mereka pada situs target tertentu. BamHI mengikat pada urutan 5′-GGATCC-3′, dan memotong urutan ini setelah 5′-Guanin pada setiap helai. pembelahan ini menghasilkan “ujung lengket” yang mempunyai panjang 4bp.

Dalam bentuk yang tak terikat, BamHI membentuk lembaran α, yang berada di antara heliks. BamHI adalah molekul yang sangat unik karena mengalami serangkaian perubahan konformasi yang tidak konvensional pada saat pengenalan DNA. Hal ini memungkinkan DNA untuk mempertahankan konformasi normal β-DNA tanpa distorsi untuk memfasilitasi pengikatan enzim. BamHI adalah dimer simetris. DNA terikat dalam potongan besar yang terbentuk antara dimer; enzim mengikat dalam cara cara “crossover“. Setiap subunit BamHI membuat sebagian besar kontak punggung dengan fosfat dari setengah situs DNA tapi pasangan basa kontak yang dibuat antara masing-masing subunit BamHI dan basa nitrogen dalam alur utama dari setengah situs DNA berlawanan. Protein mengikat basis melalui ikatan hidrogen langsung atau ikatan hidrogen dimediasi obligasi air antara protein dan setiap kelompok donor / akseptor dalam alur utama ikatan hidrogen. Kontak alur utama dibentuk oleh atom yang berada pada amino-terminal dari paralel 4 helix bundel. bundel ini menandai antarmuka dimer BamHI, dan diperkirakan bahwa momen dipol dari atom pada terminal NH2 ini dapat berkontribusi untuk stabilisasi elektrostatik (Gambar 1).

Gambar 1. Struktur 3D dari endonuklease BamHI.

Kompleks enzim-DNA dikarakterisasi dengan berbagai interaksi atara enzim dan punggung gula-fosfat pada DNA. Masing-masing subunit BamHI menghasilkan 11 ikatan hidrogen secara langsung pada punggung DNA dengan penambahan interaksi air. Residu yang berperan pada interaksi ini adalah amino-terminus α3(57-61), urutan pada daerah sebelum 4 (89-91), amino-terminus α4 (111-126), amino terminus α6 (146-165), dan residu 193 dan 194 (secara cepar sebelum lengan terminal COOH kembali terfolding. Dua subunit BamHI menumpuk pada daerah kontak punggung DNA dan pada empat nukleotida sentral dari sekuens pengenalan BamHI.

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *