Perbaikan missmatch secara langsung pada untai atau strand-directed missmatch repair pada eukariot melibatkan dua protein yaitu MutS dan MutL yang terdapat pada bakteria maupun sel eukariotik. MutS mengikat secara spesifik pada pasangan basa yang missmatch, sedangkan MutL mendeteksi DNA sekitar untuk sebuah nick (untai DNA yang tidak berikatan satu sama lain dengan ikatan fosfodiester) (Gambar 1). Saat MutL mendeteksi nick, maka akan memicu degradasi dari nick hingga pasangan basa yang missmatch. Oleh karena nick terbatas pada untai replikasi baru pada eukariot, maka kesalahan replikasi secara selektif dapat dihilangkan.
Pada bakteria, mekanisme ini sama, kecuali pada penambahan MutH pada kompleks pasangan basa kosong tak termetilasi dan sekuens GATC yang baru tereplikasi.
